Antonina tem suas origens nas catas e faisqueiras de ouro que nos meados do século XVII existiam nos estuários da região.O Capitão povoador sesmeiro de Nova Vila (Paranaguá), Gabriel de Lara, concedeu as primeiras sesmarias ao litoral paranaense aos senhores Antonio Leão, Pedro Uzeda e Manuel Duarte, considerados fundadores de Antonina. A esta época remonta as primeiras ocupações que, no entanto, começam a adquirir contornos mais definidos quando, em 1712, o Sargento Mor Manoel do Valle Porto recebe carta de sesmaria e instala-se no sítio denominado Graciosa, iniciando trabalho de mineração, que aos poucos atrai outros colonos, formando-se assim um pequeno povoado.
Posteriormente, na esteira de uma tradição de culto que historiadores locais remetem aos anos 1600, os moradores solicitam e obtêm licença de Frei Francisco de São Jerônimo, Bispo do Rio de Janeiro, para nesse pequeno povoado construir uma capela em louvor a Nossa Senhora do Pilar. Por iniciativa de Manoel do Valle Porto a capela é erigida e 12 de setembro de 1714 ficou considerada a data de fundação de Antonina.
Em torno da igreja forma-se aos poucos uma povoação, ficando o lugarejo conhecido por Capela, por isso até hoje os moradores de Antonina ainda são chamados de capelistas.
Em 1797 passa a categoria de vila, com a designação de Antonina, em homenagem ao príncipe da Beira, Dom Antônio, filho de Dom João VI e Dona Carlota Joaquina.
As principais características de sua urbanização atual tem origem na consolidação de sua função como porto, o que está vinculado a conclusão da Estrada da Graciosa em 1873 e à ligação ferroviária com Curitiba que data de 1891.
Atualmente encontra-se num processo de retomada do desenvolvimento econômico com a reativação de seu sistema portuário e da atividade turística.